La scolarité des candidats admis par voie de concours est entièrement prise en charge par l'EIED qu'il s'agisse des candidats dits "externes=non douaniers" (par exemple les étudiants) et "internes=candidats fonctionnaires douaniers. Par contre les frais de transports aller et retour des candidats admis par voie de concours sont pris en charge par l'administration des douanes de leur pays d'origine respectif.
Par ailleurs, l'EIED étant maintenant ouverte aux candidats (internes et externes) qui veulent s'inscrire en privé ceux-ci seront amenés à supporter eux-mêmes la totalité des frais scolaires liés à leur formation dont le coût total est défini dans le tableau ci-après :
| NIVEAUX | FRAIS TOTAL A PAYER | VERSEMENT DES LA RENTREE | 1ère TRANCHE | 2ème TRANCHE | 3ème TRANCHE | 4ème TRANCHE |
| Inspecteur | 5 200 000 | 3 600 000 | 400 000 | 400 000 | 400 000 | 400 000 |
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| (à 4 mois) | (à 8 mois) | (à 10 mois) | (à 12 mois) |
| Contrôleur | 3 980 000 | 2 800 000 | 400 000 | 400 000 | 400 000 | 380 000 |
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| (à 2 mois) | (à 4 mois) | (à 6 mois) | (à 6 mois) |
| Agent de Const. | 3 600 000 | 2 500 000 | 400 000 | 400 000 | 400 000 | 300 000 |
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| (à 2 mois) | (à 4 mois) | (à 6 mois) | (à 6 mois) |
NB : 1) Une caution bancaire à titre de garantie, équivalent au montant intégral des frais de scolarité est exigée en début d'année académique à tous les stagiaires.
2) Le non-respect des échéances de paiement des frais de scolarité expose le stagiaire défaillant à une exclusion de l'Ecole.
COÛTS DE FORMATION DE L'ECOLE INTER-ETATS DES DOUANES DE LA CEMAC